En los años siguientes Portman intervino en Beautiful Girls (1995), de Ted Demme, en Heat (1995), en la que actuó con Al Pacino, en Mars Attacks (1996), de Tim Burton, protagonizada por Jack Nicholson y Glenn Close y en Todos dicen I Love You (1996), de Woody Allen. Esta última resultó ser una experiencia dura para una actriz juvenil, ya que Allen prefiere no dar instrucciones precisas a sus actores y obtener registros de improvisación.

En 1996 Portman tuvo que abandonar su intervención en Romeo y Julieta, de Baz Luhrmann, debido a la diferencia de edad entre ella y Leonardo DiCaprio.

Por otra parte rechazó ofertas de trabajo en Lolita (1997), de Adrian Lyne, debido a su alto contenido sexual, y en La tormenta de hielo (1997), de Ang Lee, debido a que su personaje era demasiado siniestro. En A cualquier otro lugar (1999), de Wayne Wang, también obligó a eliminar las escenas en las que debía aparecer desnuda.

Los productores quisieron sustituirla, pero Susan Sarandon, protagonista de la película, se negó a ello. Portman fue nominada a un Globo de Oro como mejor actriz de reparto, que se llevó Angelina Jolie.

A los 18 años Portman se independizó de su familia y de sus asesores. La fuerza del amor (1999), de Matt Williams, fue el primer trabajo que realizó sin sus padres, y el primero en que hizo una escena de amor. Interpretó también por primera vez el papel de madre. Fue criticada por su fallido intento de imitar un acento sureño.

Portman ha actuado en los tres últimos episodios de Star Wars, de George Lucas. Fue contratada en 1997 para estas tres películas. Curiosamente, no había visto ninguno de las anteriores y tardó en aceptar.

Rodó el primer episodio a los 16 años durante el verano de 1997, el segundo a los 19 años durante el verano del 2000 en Australia, Tunez, España e Italia y Marzo del 2001 en Londres, y el tercero a los 22 años en los estudios de Fox en Australia durante el 30 de Junio hasta Septiembre de 2003.

Su papel en esta nueva trilogía fue el de la reina y después senadora Padmé Amidala, esposa de Anakin Skywalker y madre de Luke y Leia.