El poblado se identifica a partir del siglo IV y por entonces cuenta con una construcción cristiana tipo sinagoga, para conmemorar la Anunciación del arcángel Gabriel a María y acoger a los peregrinos que visitaban el lugar que consideraban sagrado y dejaban grafitos, grabados en el estuco o trazados con carbón. Egeria, una peregrina cristiana que visitó Nazaret en el 383, vio «una gran y muy espléndida gruta en la que vivió María y en la que se ubicó un altar».

Luego, sobre el mismo lugar, en 570, los bizantinos construyeron una basílica. Así, un anónimo de Piacenza, que visitó Nazaret en el siglo VI, escribe: «La casa de Santa María es una basílica y se suceden muchas curaciones».

Ocupada por los persas en el 614 y por los árabes en el 634. Continuó siendo lugar de peregrinación. En el siglo XII tras la ocupación por los Cruzados, el príncipe normando Tancredo, lugarteniente de Godofredo de Bouillon, hizo edificar una suntuosa Catedral y elevó Nazaret a sede episcopal. El poblado fue arrasado por el sultán Baibars en 1263.

Al final del siglo XVII sobre los restos de otras tres iglesias, fue construida la Iglesia Ortodoxa Griega de la Anunciación, que tiene una cripta con una surgiente de agua, origen de la fuente de María, situada en la calle principal de Nazaret y conectada a un acueducto. De acuerdo algunas tradiciones, fue en dicha fuente donde el Arcángel Gabriel se presentó por primera vez ante María.

En 1620 los franciscanos consiguieron del emir druso Fakhred-Din permiso para establecerse, en los restos del antiguo santuario donde se supone vivíó María por los días de la Anunciación, y lograron autorización en 1730 para edificar otra iglesia.

La estructura fue ampliada en 1877 y completamente demolida en 1955, para permitir la construcción de la actual basílica, planeada por el arquitecto Giovanni Muzio, que fue consagrada en 1964 por el Papa Paulo VI.

Desde 1950 Israel ha erigido una nueva ciudad denominada Alta Nazaret (נצרת עילית, Natzrat Illit), habitada principalmente por población judía.