Período antiguo
El antiguo lugar de Jaffa es Tel Yafo, o Colina Jaffa, que se eleva a una altura de 40 metros y ofrece impresionantes vistas sobre la costa. De ahí su importancia estratégica en la historia militar. Al pie de la colina habían manantiales de agua dulce. La acumulación de desechos y vertederos a lo largo de los siglos hizo aún más alta la colina.
El puerto natural de Jaffa ha estado en uso desde la Edad de Bronce. Se menciona en hallazgos del Antiguo Egipto desde el 1470 a. C., glorificando su conquista por el Faraón Thutmose III, cuando guerreros armados que se ocultaron en grandes cestas y dio estas como regalo al gobernador de la ciudad cananea. La ciudad se menciona también en las Cartas de Amarna bajo su nombre egipcio Ya-Pho, (Ya-pu, EA 296, I.33).
En 1991, una réplica de los portones de Egipto, con la denominación del faraón Ramsés II, fue nuevamente erigida en su sitio original. La ciudad estubo bajo poder Egipcio hasta el año 800 a. C.
Jaffa se menciona en el Libro de Josué como territoro en la frontera de la Tribu de Dan, de ahí el término «Gush Dan», que se utiliza hoy en día para la planicie costera.
Muchos descendientes de Dan vivieron a lo largo de la costa y se ganaban la vida marinos y navegantes. En la «Canción de Débora» la profetisa pregunta: «דן למה יגור אוניות»: «¿Por qué quieres Dan detenerme en buques?»
El Rey David y su hijo el Rey Salomón conquistaron Jaffa y utilizron su puerto para llevar los cedros desde la ciudad de Tiro utilizados en la construcción del Primer Templo. La ciudad permaneció en manos de los Judíos, incluso después de la división del Reino de Israel.
En el 701 a. C., en los días del Rey Ezequías (חזקיהו), Senaquerib, rey de Asiria, invadió la región de Jaffa.
Jaffa fue un puerto del Imperio Seléucida que fue recobrada por los Macabeos (1 Macabeos x.76, xiv.5). Durante la represión romana de la Gran Revuelta Judía, Jaffa fue capturada y quemada por Cestio Gallus. El historiador Judío fariseo Flavio Josefo escribio que ocho mil habitantes fueron masacrados.
Los piratas que operaban desde el puerto reconstruido concluyo en la ira de Vespasiano, que arraso la ciudad y levanto una ciudadela en su lugar, e instalaron una guarnición romana.