En torno al año 1004 AdC el rey David de Israel y de Judá conquistó Jerusalén a los jebuseos por medio de un contingente enviado a través de un manantial subterráneo, y la convirtió en capital de su reino unificado.
Su hijo Salomón construyó en pocos años el Templo de Jerusalén, destinado a contener el Arca de la Alianza y las Leyes que Yahvé otorgó a Moisés en dos tablas de piedra en el Monte Sinaí.
Éste sería el único templo que permitiría la ley religiosa hebrea consagrado al culto yahvista, si bien parece que existió otro templo en la isla Elefantina, en el curso medio del río Nilo, fundado en torno al 650 a. C. por una comunidad judía emigrada antes del reinado de Josías (640-609 a. C.).
Tras la separación de Israel y Judá en el 922 a. C., Jerusalén pasó a ser la capital del reino de Judá.
Tras diferentes avatares en su historia, en las que ejerció de capital del reino independiente de Judá, conoció posteriormente distintas etapas de dominación extranjera, primero bajo la influencia de los asirios, que sometieron al reino de Judá al pago de tributo, y luego directamente por los babilonios (597-546 a. C.) que toman la ciudad y la arrasan, destruyendo el Templo, en Julio del 587 a. C.; después estuvo sometida a los persas (546-332 a. C.), los macedonios (332-312 a. C.) y por sus herederos los seléucidas (312-130 a. C.).
Desde este momento, bajo el gobierno de los asmoneos conocería un periodo de relativa independencia, si bien sería conquistada, junto con todo el reino, por las tropas romanas de Pompeyo en el 64 a. C.
A partir del año 33 d C aproximadamente existe una iglesia cristiana creciente en Jerusalén, donde además se celebra el denominado Concilio de Jerusalén alrededor del año 49.
En el año 66 tuvo lugar una revuelta de los judíos que supuso el asedio de la ciudad y su toma por Tito en el año 70, junto con la segunda destrucción del Templo de Jerusalén.
El proyecto de reconstrucción de Adriano como una ciudad completamente romana (Aelia Capitolina) supuso la revuelta definitiva de los judíos entre los años 132 y 135, finalizando con la caída de Masada y el nicio de la Diáspora judía.