El Tzahal entra en Jaffa en la Guerra de la Independencia de Israel en 1948.
En 1947, antes de la guerra árabe-israelí de 1948, una Comisión Especial de la ONU sobre el mandato recomendó que Jaffa forme parte del previsto Estado Judío. Finalmente, debido a la gran mayoría árabe, fue designado como un enclave árabe en el futuro Estado judío en el Plan de Partición Naciones Unidas de 1947.
Los árabes rechazaron el plan y el 30 de noviembre de 1947, al día siguiente a la aprobación de la Plan de partición de Palestina de la ONU, siete judíos fueron asesinados por los árabes en tres incidentes por separado: a las 8 de la mañana, en lo que llegó a ser visto como los disparos de la apertura de la Guerra del 1948, tres árabes atacaron a un autobús que se dirigía de Netanya a Jerusalén, matando a cinco pasajeros judíos.
Media hora más tarde un segundo ataque dejó otro autobús con pasajeros judíos muertos. Más tarde un hombre judío de 25 años fue muerto a tiros en Jaffa. En Jerusalén, el Comité Superior Árabe pidió tres días de huelga general.
Desde el inicio de la huelga en adelante, árabes y judíos entraron en una escalada de enfrentamientos.
El corresponsal en Jerusalén de The Times estimó que por lo menos unas 130 personas habían muerto, «de los cuales, alrededor de 70 son judíos, 50 árabes, y el resto tres soldados británicos y un agente de policía británico «.
El 25 de abril de 1948, el Irgún lanzó una ofensiva en Jaffa, entonces la mayor ciudad árabe del Mandato Británico de Palestina. Unidades de la Hagana tomaron la ciudad el 14 de mayo, que estaba pobremente defendida por algunos efectivos del Ejército de Liberación Árabe y una cincuentena de voluntarios musulmanes yugoslavos, así como también muchos palestinos alemanes de las colonias alemanas cerca de Jaffa y algunos voluntarios italianos.
La mayor parte de su población, unas 50.000 personas, huyeron en barcos y botes hacia Gaza (entonces en poder de Egipto) y el Líbano.
Entre la mitad y los dos tercios de los habitantes de ciudades como Haifa o Jaffa habían abandonado sus hogares antes de los que los judíos irrumpieran en esas ciudades a finales de abril de 1948.
Como al resto de personas desplazadas durante la guerra, las autoridades de Israel no les permitieron nunca regresar a sus hogares.
Para recordar a los soldados judíos que murieron en la batalla de Jaffa, se creó en la ciudad el «Jardín de la Conquista».